Благодаря разработке Штокмановского месторождения и газификации Кольского полуострова руководство планирует приступить к реализации проектов по возведению заводов для производства минеральных удобрений с учетом местной сырьевой базы. В связи с этим вторая очередь будет включать реконструкцию апатитового комплекса и развитие причалов №17 и №18. Эти меры увеличат пропускную способность комплекса и позволят принимать суда грузоподъемностью до 50 тысяч тонн.
Одновременно строители приступят к сооружению контейнерного терминала за причалом №19. Согласно проекту это будет современный специализированный комплекс по перевалке контейнеров ежегодной пропускной способностью до одного миллиона TEU.
Реализацию программы по модернизации порта предполагают проводить без остановки основной производственной деятельности, с поэтапным включением новых объектов.